En el Llibre del Repartiment, se mencionan ambas alquerías de Petraer, que el rey Jaume I donó a su escribano Guillem Escrivá por su ayuda en la conquista de Valencia. Una parte importante de las tierras de Petraer Alfauquia fueron donadas al noble Pere Ferrando de Azagra. El resto de tierras y huerta fueron donadas por el rey Jaime I a diferentes personas que también le ayudaron en la conquista, y que tenían diversa procedencia: navarros, occitanos, aragoneses y sobre todo catalanes.
En esta etapa cristiana, el nuevo espacio público que se configuró fue la plaza Mayor, con su forma triangular que se mantiene en la actualidad. De esta manera, el núcleo se orientó hacia el norte. El Señorío de Patraix pasó de los Escrivá, a ser confiscado por la Corona en 1567, y vendido al marqués de Elche, los cuales a su vez lo vendió al marqués de Cruylles, y cuyos descendientes obtuvieron el título de Barón de Patraix.
En el lado Este de la plaza, el Barón construyó un suntuoso palacio. Las descripciones del mismo que nos dejaron escritas el Barón de San Petrillo y Eduardo Buil nos dan una idea. Por su puerta principal se accedía a un patio, y a su izquierda tenía una puerta de estilo gótico con columnas y capiteles que conducía al establo. Una soberbia escalera de piedra subía al piso principal en donde se encontraban diferentes habitaciones. El salón principal estaba decorado con azulejos de los siglos XV o XVI, algunos de los cuales tenían el escudo de la familia.
Su huerto, de enormes dimensiones, llegaba hasta la actual calle Cuenca. Estaba regado por la acequia de Favara y tenía plantados palmeras, arbustos decorativos y hortalizas. El palacio, que fue habilitado coyunturalmente como hospital para acoger a los enfermos de la peste de 1647, dejó de estar habitado a principios del siglo XX. A mediados de siglo, debido a su estado ruinoso, fue derribado.
En el siglo XVII, el señor de Patraix cedió las caballerizas de su palacio para que se construyera una iglesia sobre ellas para dar servicio al lugar de Patraix, que sustituyó a la antigua ermita que había enfrente. Su primitiva advocación fue de San Nicolás de Bari, pero posteriormente cambió al Sagrado Corazón de Jesús. La iglesia fue abierta al culto el 11 de enero de 1674, se compone de una sola nave rectangular de seis tramos, cubierta de bóveda de cañón con lunetos y arcos fajones que descansan sobre pilastras de estilo corintio. En su interior fue enterrado el primer marqués de Cruïlles, pero la Guerra Civil de 1936 destruyó parte de la iglesia, incluido el campanario, que fue reconstruido por el arquitecto Javier Goerlich en 1917.